平成28年度税制改正で、通勤手当の非課税限度額が現行の10万円から15万円に引き上げられた。
平成28年1月1日以後に受けるべき通勤手当から適用されている。
この改正で、これまで非課税限度額を超えていた
新神戸－岡山間の新幹線定期FREX118 ,070円／１ｶ月 も
元町－名古屋間を元町―新大阪をJR在来線（快速や新快速）、新大阪―名古屋間を新幹線の3か月定期を購入して通勤しても、
通勤交通費の全額が限度額内におさまることになる。
（片道約1時間30分が通勤圏内？かどうかは個人の価値観次第？）
チェックポイント
平成28年1月1日から3月末日までは改正前の規定で源泉徴収が行われているので、改正後の規定を適用すると，実務では源泉徴収の際の税額が過納となる場合がある。
実務ポイント
政令改正（3月31日）以前の分は年末調整で精算
28年度改正で引き上げられた通勤手当の非課税限度額は、1月1日以後に支払われるべきものが対象（28年所令附則2）。この新規定は1月1日の時点では未施行だったため、実務上は1月以後も旧規定を適用したところで源泉徴収を行っていた。
そのため1月1日から3月31日までに支払われるべき通勤手当については、新規定を適用した場合との差額が生じることとなる。この過納となる税額については年末調整によって精算する。
通勤手当の引上げに伴う年末調整での精算方法については，国税庁HPにも掲載されている。
www.nta.go.jp/gensen/tsukin/pdf/01.pdf
4月1日以後支払分は還付
経理システムが間に合わない等の理由で、政令施行日である4月1日以後に支払われる通勤手当について新規定による源泉徴収を行えなかった場合
年末調整による精算ではなく、旧規定による源泉徴収を行った後、速やかに誤納額の充当届出又は還付請求を行うことで新規定を適用した場合との差額の還付を受けられる。
実務ポイント
充当パターン
① 従業員には給与支払者から、速やかに差額を還付し
② 給与支払者は税務署に対して、「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額の充当届」を提出し、翌月の源泉税額に充当して、差額を納付する。
https://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_23.htm
上記のパターンが多いと思われますが、個別に本人から還付請求することも出来ます。
https://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_22.htm
平成28年4月 源泉所得税の改正のあらまし（PDF/5,806KB）（平成28年4月）
https://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/pdf/h28aramashi.pdf
この記事の中のLinkは総て（国税庁HP）となっております。
また平成28年4月1日時点の法令に準拠しておりますので、新たな改正等が施行された場合は、取り扱いが変更される場合が在ります。
参照法令
所得税法施行令第20条の2 非課税とされる通勤手当
（最終改正日：平成28年03月31日）
法第9条第1項第5号（非課税所得）に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる通勤手当（これに類するものを含む。）の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する部分とする。
一 通勤のため交通機関又は有料の道路を利用し、かつ、その運賃又は料金（以下この条において「運賃等」という。）を負担することを常例とする者（第4号に規定する者を除く。）が受ける通勤手当（これに類する手当を含む。以下この条において同じ。） その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額（1月当たりの金額が15万円を超えるときは、1月当たり15万円）
二 通勤のため自動車その他の交通用具を使用することを常例とする者（その通勤の距離が片道2キロメートル未満である者及び第4号に規定する者を除く。）が受ける通勤手当 次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額イ その通勤の距離が片道10キロメートル未満である場合 1月当たり4200円
ロ その通勤の距離が片道10キロメートル以上15キロメートル未満である場合1月当たり7100円
ハ その通勤の距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合 1月当たり1万2900円
ニ その通勤の距離が片道25キロメートル以上35キロメートル未満である場合 1月当たり1万8700円
ホ その通勤の距離が片道35キロメートル以上45キロメートル未満である場合 1月当たり2万4400円
ヘ その通勤の距離が片道45キロメートル以上55キロメートル未満である場合 1月当たり2万8000円
ト その通勤の距離が片道55キロメートル以上である場合 1月当たり3万1600円
三 通勤のため交通機関を利用することを常例とする者（第1号に掲げる通勤手当の支給を受ける者及び次号に規定する者を除く。）が受ける通勤用定期乗車券（これに類する乗車券を含む。以下この条において同じ。） その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による定期乗車券の価額（1月当たりの金額が15万円を超えるときは、1月当たり15万円）
四 通勤のため交通機関又は有料の道路を利用するほか、併せて自動車その他の交通用具を使用することを常例とする者（当該交通用具を使用する距離が片道2キロメートル未満である者を除く。）が受ける通勤手当又は通勤用定期乗車券 その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額又は定期乗車券の価額と当該交通用具を使用する距離につき第2号イからトまでに定める金額との合計額（1月当たりの金額が15万円を超えるときは、1月当たり15万円）
